1.同未出生的人协商

　　问题主要出现在”表示同意的亲属“这一决策主体上。既然协商伦理学要求广泛征求各相关方面的意见，那么基因-生殖技术所直接操作对象的意见是首当其冲的，但是那些通过这种干预甚至操纵而产生的孩子，怎样在决策之时，也就是在他们还未出生之时，表示出他们的意见呢·事实上，基因-生殖工程确实为人的自由决定创造了更大的空间，但是这一变化也带来了新的伦理学困难--这一决定所涉及的主要对象根本就没有表达意见的可能性。

　　在这里，协商伦理学的基本原则--尊重原则根本得不到执行。在很多情况下，这类干预造成的后果很可能根本得不到承认，增强型干预比治疗型干预获得承认的可能更少，而治疗型本身也会因为种种副作用而播下争吵的种子。因此以协商为指导的基因伦理学便面临是否可以或者容忍这样一种无法征得同意的干预的问题。但协商伦理学会容忍这种情况，因为在长期医学实践中，在对无责任能力的患者(儿童或精神病人)进行医治的时候，往往没有必要征求这些对象的意见，而必须有其监护人或代表做出决定。

　　2.同代理者协商

　　所谓与代理人协商以如下假定为基础：(1)亲属能够根据当事人的利益做出决定;(2)如果当事人有能力表示意见的话，会做出同样的决定。从原则的层面来说，代理制使得”所有有关人员一致赞同“的原则失效。而且这种代理，只有参照某种价值才有可能。这等于承认了，至少某些非常重要的行为规范在严格意义上是无法按照协商伦理学的办法建立的。协商伦理学的实践结果一定程度上推翻了它的理论前提，这使它陷入进退维谷的状态。协商伦理学进退维谷的根源在于，普遍性的要求与当事人自主原则的特有联系。然而当事人在无法表达自主愿望的时候，协商伦理学将不可避免的变成代理协商制，最后将变成似是而非的自主协商，一步一步的丧失它道德基础，变成关于代理方式和过程纯程式的纠纷。这涉及到”基因工程伦理的一个核心问题：人们究竟有没有权利如果技术条件允许的话对未来人类的遗传特征进行人为的干预·“在代理中，价值问题再次突出出末：即应当在什么标准下做出代理决定，或者代理决定必须参照何种价值·比如，当无法采用治疗手段、中断妊娠是唯一可行的选择的时候，不管一个某种形式的生命有没有生命价值，代理者都必须做出决定。而这个决定不仅从道德内容来看是极富争议的，而且还突破了关于代理的纯程式的讨论，因为这显然涉及道德评价--代理者依赖自己的价值标准来决定胎儿是否值得活下来。无论如何选择，代理者做出的决定都包含着让被代理者接受他的生活理想的想法。总之在极端情况下，代理协商无法避免最终变成了代理者价值强制，从而走向了协商伦理学基本原则的反面。

　　3.规范的失败

　　协商伦理学困难不仅在于它在实践中往往走向了自身原则的反面，而且在于它无法提供一种坚硬的道德内核，使其独立于历史的和个人的价值观，从而有滑向道德相对主义的可能。道德始终针对的是避免做恶，但协商作为一种程式只能保证意见一致性(事实上根据上述讨论，连一致性也不能保证)，却无法保证意见的道德地位。后果论的缺陷是对道德直觉的排斥容易允许明显非道德的行为。

　　那么是否可以为它强加一种规范，如不作恶呢·事实上无论如何也找不到以对一种伤害的标准解释为基础的答案。

　　协商伦理学果然被称为伦理学的话，必须对避免做恶做出保证，但前提条件是每个人都懂得”恶“或者”侵害“之类的概念都包括些什么。但在通常情况下，人们很难在这一点上达成一致看法，而在基因伦理学中情况变得更复杂了，且不说基因技术造成的有形层面的伤害的问题，考虑基因技术带来的道德伤害。所谓道德伤害是指，人不只是一种配有一套心理特点的有形的机体，而且是一个拥有特殊尊严和特定权利的有人性的人，正是针对这种尊严和权利的伤害才称之为道德伤害。把结果伦理学的评价简化为依据日常实践中明确的，或者从科学角度可以确认的那些伤害做出预先推定是不可能的，这种尊严和权利并不是单纯从哲学角度赋予的，它与实体论的立场无关，而且必须得到主观论者的承认。