(2)高校应税项目的差旅费(例如机票款)、人力成本等大部分费用，无法取得专用发票用于抵扣进项税额。主要有两个原因：一是国家税法规定，旅客乘坐交通工具，不得开具专用发票;二是人力成本都是以薪酬或劳务的形式发放到个人，这部分成本也无法取得专用发票用于抵扣。

　　(3)为降低采购成本和提高原料新鲜度，从农贸市场采购大量生鲜原料，农贸市场采购不易取得增值税专用发票，很难降低税负成本。

　　2.3增值税进项税额分担与抵扣成为难题

　　从纳税人角度上看，高校是一个独立的纳税主体，需要作为一个纳税人来进行纳税申报工作。按照国家税务总局关于增值税抵扣的规定，一般纳税人不得在免税、非税项目中使用增值税专用发票进行进项税额的抵扣，即纳入财政国库集中支付项目、免税的横纵向科研项目，高校代管暂存类项目不可使用增值税专用发票进项税额抵扣;应税项目的专用发票可以抵扣。高校既有应税收入，又有非税收入，而非税收入是高校的主体收入。非税项目购进材料、固定资产、房屋设备维修保养费、水电费、网络通信费、专利技术、非专利技术、商誉、商标、著作权、有形动产租赁货物、接受加工修理修配劳务、其他外包服务或者应税服务的，既用于非税项目，又用于应税项目，如何分担、如何开具专用发票抵扣成为难题，这就使得进项税额的抵扣困难重重。所购货物或劳务是用于应税项目还是非税项目，若无抵扣，则需要在月末作为进项税额转出，避免产生税务风险。

　　2.4部分高校税负不降反升

　　“营改增”可以消除重复增税，降低成本，增加效益，但实际情况又有两种：一是部分高校税负能降低。被认定为小规模纳税人的高校，原来是按5%的税率征收营业税，现在改征增值税，税率为3%，从税率来看，税负下降幅度达到40%;二是部分被认定为一般纳税人的高校可以通过进项税额抵扣来降低实际税负。“营改增”之前，高校缴纳营业税，在采购阶段所包含的增值税进项税额不能抵扣，计入了成本;而 “营改增”之后，采购材料、购进设备的进项税额可以抵扣，实际缴纳的税金会减少，因此税负会有所降低。

　　一部分高校税负有增加。例如，税改之前培训费的营业税税率是5%，营业税是价内税，按营业收入的全额计提5%的营业税。“营改增”后，对于一般纳税人，增值税是价外税，增值税税率为6%，按规定应以营业收入除以6%得到的不含税收入，再乘以6%计算销项税。被认定为一般纳税人的高校，由征收营业税改为增值税，税率由5%改为6%，单从税率上看，税负有所增加。一般纳税人的高校实际税负高低取决于可抵扣的`进项税额，如果进项税额很少或是没有，会造成高校税负不降反升。主要有三个原因：一是涉税业务不断增加，部分高校不注意区分应税项目和非税项目，没有合理分担，造成没有进项税抵扣;二是“营改增”之前购置房产、设备等固定资产，但现在不能抵扣进项税;三是在高校涉税成本中比较重要的人工成本、交通费用等不能进行抵扣的项目较多的情况下，外购设备、材料等可抵扣支出微乎其微，就会造成高校的税负增加。因此，高校应合理进行税收筹划，主动应对由于税负变动造成的不利影响。

　　2.5增值税发票管理更严格

　　发票管理是税收征管的中心环节，特别是增值税专用发票，与高校增值税的计税基础息息相关，它既影响高校对外提供服务所产生的销项税额，又影响到其接受服务、日常采购等环节所产生的进项税额，进而影响缴纳增值税的多少，使高校涉税风险进一步加剧。例如，增值税在征管制度、虚开发票等方面比营业税更加严密与完善，财会人员面临虚开增值税的法律风险;在进项抵扣环节面临取得增值税发票真实性的法律风险，这种责任远远大于营业税。因此增值税发票的领取、开具、使用和监管就更加严格。我国《刑法》对增值税专用发票的管理、开具、使用等所有环节都作出了非常严格而详细的规定。税务部门稽查和管理增值税专用发票相比营业税更加严格。

　　2.6纳税申报更为复杂

　　“营改增”之前，高校的营业税发票管理及缴税比较方便、简单，只须向地税部门申领发票，申报纳税。“营改增”后，征税机关由地税变为国税。国税部门与地税部门之间的工作流程差异很大，申报流程增加了抄税、认证一系列复杂手续。专用发票未通过认证的或者超过规定期限未进行认证的，进项税额不能抵扣。主管税务机关也将比对纳税人申报的进项税额数据和认证数据，如果不一致，进项税额也不能抵扣。对于高校来说实际的报税流程延长了很多，报税周期也有明显的增长，尤其在前期对于国税部门报税环节不熟悉或者操作不熟练的情况下，很容易出现漏报或者未认证的问题，形成高校进项税额无法抵扣增值税，造成大的财务损失。