但从目前的实际效果看,该制度的实施还存在一些问题,主要表现为:第一,虽然我国所有行政村在进行民主决策时均需召开村民会议或村民代表会议,但基于部分村民对于如何行使民主权利或是行使权利的作用不甚了解,甚至认为只有到选举的时候才会召开类似会议,致使民主参与的有效程度不足。第二,在民主管理形式上,虽然大多数村委会都具有代表性的创新方式,但是,如何保证大多数村民能够真正实现自我管理的效果,仍然是一个值得重视的问题。第三,我国大部分农村地区的民主监督主要体现在村务公开方面, 而村务公开形式多数是设置公开栏或公开板, 公开的内容也较为模糊, 具体的财务收支情况欠缺透明度,这也影响了部分村民参与民主监督的积极性。

　　值得注意的是,这种情况无论是在经济发达地区的农村还是经济落后地区的农村都不同程度地存在。我们可以从组织体系不健全、制度不完善、村民民主观念不强、文化素质不高等方面分析现有村民自治制度缺失的原因,但这些原因不能概括所有情况。例如:在村民文化水平普遍不高的云南省就出现了几个典型的村镇,其民主自治开展得相当好, 村民民主选举热情相当高,村内民主管理、民主监督做得卓有成效,村民的文化素质、地区经济的发达程度似乎并未成为民主自治的阻碍因素。[4]

　　此外,作为村民自治制度建设内容之一的村民自治立法从其内容来讲也存在现有法律运行乏力、 地方配套规范出台滞后、质量不高等缺陷。当然,在存在“差序结构”的农村乡土社会,民间法的存在与发展对村民自治制度的影响也不可忽视。