遗传控制得以实施的基础是以基因工程为主导的现代育种技术。从林木或其它动植物体内定位到抗病、抗虫基因，并将其克隆、转入到林木体内，表达出对特定或大多数病虫害的持续高抗性。目前，涉及遗传转化的树种已达9科19属近30种。一些重要的树种如杨树、欧洲落叶松等已获得了转基因植株。在报导的林木基因工程的目的基因中，抗性基因的种类最为丰富，包括了抗虫基因、抗病基因、抗盐基因、抗寒基因以及抗除草剂基因。
　　对林木病害的遗传控制应该考虑两个方面，这是由于具有两种不同的林木病害类型。对于病原主导性病害，寄主一般体现为寡(或单)基因控制的垂直抗性，相应的病原致病基因也是寡(或单)基因，这样便于克隆抗性基因以抑制致病基因的表达；对于寄主主导性病害，寄主则往往体现为多基因控制的水平抗性，病原的致病性也往往是多个基因的表达，因此不利于克隆特定的抗病基因以表达抗性。寄主主导性的病害是由不良因素(逆境)造成树木生长势下降而诱发产生的，因此，这类病害又称作生态性病害。例如杨树溃疡病、烂皮病，它们一般是在环境胁迫引致树皮膨胀度低于80%时才能够发生。因此，如何提高树木生长势，增加抵抗逆境胁迫能力是防治树木生态性病害的根本。在抵抗这类病害的基因工程中，应转入能够提高树势、强固细胞壁的抗渗透胁迫基因。
　　生态性病害的病原主要是一些具腐生性弱寄生性病原真菌，广泛地存在于自然界中及潜伏侵染于树木体内。生态逆境是这类病害的主要诱因，当逆境生态因子导致树木生长势下降至某一个阈值时，病原一寄主复合体开始病理过程，使寄主细胞、组织发生病变，表现出枯梢、枝干溃疡或腐烂等症状，影响树木的生长，严重时造成树木的死亡。生态性病害由于病原菌具有潜伏侵染的特性、可长期潜伏在树木体内，因此具有隐蔽性；由于气候生态逆境是其主要诱引，因此具有突发性。
　　这类病害在北美、欧洲以及东北亚分布广泛，各国在经历了化学防治的失败后，目前的研究都集中在抗性育种和集约栽培上，试图通过提高抗逆性和抗病性以及提高树势来最终达到控制病害的目的。
　　生态性病害由于具有隐蔽性和突发性，因此，控制的根本途径是生态控制技术。对于客观上具有或可能出现一定演替过程、形成一定自组织性而具有一定程度自我调控病虫灾害的功能的人工林生态系统，其病虫灾害生态控制的研究趋势是：从乔、灌、草及农作物多植物种合理配置人手，提高系统内的生物多样性，改造现有林和营造混交林，为系统的演替过程构建初始可启动状态，使其伴随演替过程逐步最大程度地实现自组织性，从而形成一定程度的抗逆补偿功能和自我调控病虫灾害功能。同时辅助以环境允许的人为措施，将病虫灾害控制在允许水平。对于城市绿化树木和干旱及半干旱地域的造林树木，客观上很难或不可能形成一定自组织性的人工林生态系统，其生态性病害生态控制的研究趋势是：通过树木根系和根际土壤生态环境的改造，使其形成及促进根系的发育和发达、水分和养分的持续有效利用、病菌侵染和侵入后的抑制功能等，从而树木、提高树势、增强树木的抗逆性和抗病性，达到持续、有效控制病害的目的。