然而，有不同意见者认为，这种做法“实际上使参考文献承担了部分原本属于注释的功能，而淡化了参考文献自身应有的作用。”[1]我们认为，这一说法值得商榷：第一，现在的做法确实将以前属于注释的一部分功能――指明引文出处归入了参考文献，但是，这一功能并非原本就属于注释。“注”的最初含义是“述也，解也”(《集韵·遇韵》)，即“给书中字句作解释”，传、注、故、训、笺、疏、章句、解诂等名称都是此意。指明引文出处这样的简单工作是不足以称为“注”的。《辞海》(1999年版)认为注释包括“对书籍、文章中的引文出处所作的说明”并不恰切，或者说，与它自己对“注”与“释”二字的解释不相符。第二，这种做法不会“淡化参考文献自身应有的作用”。参考文献就是起一个“参酌、启发”的作用，文中的引文无疑早已发挥了这一作用。至于“未必成为正文中引述的对象，可能仅仅对作者写作该文有某些参考价值，或潜在的影响或启发”的参考文献，可能有，但决不会很多。从各方面考虑，引文还是列入参考文献较为妥当。

　　2、吸收、借鉴或间接引用他人的观点，应当如何处理?

　　这一问题，实际上也就是间接引用的问题。正如前文所述，应以参考文献形式标明。一篇论文的写作，必然是建立在无数前人科研成果基础上的。为了表示对前人成果的尊重，凡是文中采用了他人的观点(特别是比较新的观点。当然不可能是所有观点，因为有些观点也许早已经成为公认的观点，根本没有必要标明)，即使是融合在文中提出的，但也应该以参考文献形式注明。现在已经有越来越多的期刊如此处理。

　　3、参考文献和注释是否都有必要具体到页码?

　　我们觉得，凡是引文类(不管直接引文还是间接引文)的参考文献应该尽量做到具体到页码，这样做有利于真正标明知识产权，有利于减少二手材料，有利于防止抄袭，也有利于读者的进一步了解。然而，文中引用的某些观点可能来自对某一论著的概括，某些论著或观点也许仅仅对作者起了一定的启发作用，这样就没有必要具体到页码。

　　注释一般就不存在指明页码的问题，因为它本来就是作者写作该文时的一些思想、观点的表现，只不过采用了一种比较特殊的形式而已。我们看韦伯的《新教伦理与资本主义精神》，注释在文中不是充当了一个重要的角色、表达了作者的很多重要思想吗?这种注释又何需指明什么页码呢?

　　4、参考文献与注释在文中的位置如何安排?

　　基本无异议的，参考文献一般附于文末。注释则不然，可以排在页末，即“脚注”;也可以排在文中，即“夹注”;还可以排在文末，即“尾注”。《中国高等学校社会科学学报编排规范》(修订版)即针对不同内容的注释，分别做出规定：“篇名、作者注置于当页地脚;对文内有关特定内容的注释可夹在文内(加圆括号)，也可排在当页地脚或文末。”《中国高等学校自然科学学报编排规范》(修订版)对此略有区别：“能在文章内用括号注释的，尽量不单独列出”;不随文列出的注释，则在需要注释的词、词组或语句的右上角标注符号，“注释内容应置于该页地脚，并用正线与正文隔开。”《中国学术期刊(光盘版)检索与评价数据规范》则规定：参考文献“一般集中列表于文未”;注释“一般排印在该页地脚”。另外，当注释与参考文献同时置于文末时，注释应放在参考文献的前面。

　　至于具体如何操作，我们认为应具体问题具体分析，因为各种做法原本各有优长。以各种形式的注释为例，“就节省空间而言，文中注相对有利;就阅读本身的视觉快感而言，尾注显得“目无遮蔽”;但就学术论文的阅读和使用本身的效率而言，还是脚注更加“脚踏实地”，而且读者在阅读正文的同时就可相互参照，个中人都知道，正文与注释同页，一旦稍有问题即无可遁形，其实会大有利于促进学术研究本身的严谨性与自律性，也有利于客观公正的学术批评的进一步展开。”

　　总之，科研论文中的参考文献与注释是其重要组成部分，特别“参考文献是对期刊论文引文进行统计和分析的重要信息源之一”。因此，“以国际、国家有关标准为依据，并充分考虑了与国内各学术期刊研究团体的有关规范化文件的一致性，按照简明、易行、实用，有利于计算机处理和保证数据准确检索与统计的原则”，对科研论文中参考文献与注释的注录做出明确、清晰的规定并具体实施，确实还是很有实际意义的。